紫外線消毒器+氯胺這兩種消毒方式結合可以對所有已知的病原體起到有效的控制作用。以紫外線為主消毒單元的組合式消毒工藝的紫外線消毒設計劑量一般為40 mJ/cm2。這個劑量可以使對紫外線抵抗力較強的肝炎病毒和輪狀病毒等病原體達到4個對數以上的滅活。在濾后水中有有機氨或人工增加氨氮的情況下，余氯和加氯量的關系。在紫外線消毒器做主消毒工藝時，加氯量在區前結束能保證管網中的以氯胺為主的余氯。從理論上來說，這部分的加氯量和余氯的比值可達到5：1。也就是說，如果水中的氨氮為0.2mg/L，在階段的產生的余氯可達到1mg/L。在第二階段繼續加氯就會使余氯含量減少;到了第三階段才能生成以自由氯為主的余氯。紫外線作為主消毒工藝時，加氯量只要控制在第1區形成以氯胺為主用來維持管網的生物穩定性。這樣就大大地減少氯氣的用量。大量的研究證明用氯胺的消毒的方法會大量減少消毒副產物的種類和含量和一些嗅味化合物。